Schon im Jahre 1040 bestand eine kleine Kapelle als „Filialkirche“ der Pfarre Kapelln (heute Nachbarpfarre). Eng mit der Gründung einer Kirche in Weißenkirchen (früher auch Weizzenkirchen) verbunden, sind die beiden Persönlichkeiten König Heinrich III. und Bischof Altmann von Passau. Diese beiden Männer hatten nicht nur großen Einfluss auf das kirchliche Leben von Weißenkirchen, sondern auch auf die weltlichen Geschicke dieser Gegend. Damals gehörte Weißenkirchen zur Diözese Passau. Die Zeit, in der die Kirche gebaut worden ist, ist unbekannt. Eingeweiht wurde sie von Bischof Petrus von Passau am Sonntag, den 21. April 1269 zu Ehren der Heiligen Simon und Judas Thaddäus. Ihr Alter ist aber sicher dem der Mutterkirche Kapelln gleichzusetzen, weil sie in der Schenkungsbulle der Bischöfe von Passau an die Prälaten des Chorherrnstiftes St. Pölten aus dem Jahr 1040 gemeinsam mit der Pfarre Kapelln genannt wird. Durch die Reform Kaiser Josef II. wurde am 1. November 1783 die Filialkirche Weißenkirchen von der Mutterpfarre getrennt, zur selbständigen Pfarre erhoben und mit einem eigenen Seelsorger versehen. Das im Kern mittelalterliche Gotteshaus erhielt seine heutige Form durch die späteren Umbauten, 1736, nach 1817 und nach 1945. Das Langhaus repräsentiert sich heute als großer Saalbau. Der Vorgängerbau des Langhauses war dreischiffig und im gotischen Stil erbaut. Nach dem Brand vom 24. Juli 1817 wurde das Langhaus gegen Osten in der ganzen Breite um das Chorjoch erweitert, sodass heute nur mehr der gotische 5/8- Schluss des ehemaligen kreuzrippengewölbten Chorraumes ( 14. Jahrhundert ) als Presbyterium und der Turm im gotischen Stil übrig ist. Der Turmhelm wurde gegen Ende des 2. Weltkrieges, in einer der letzten Panzerschlachten im Perschlingtal heruntergeschossen und nach Kriegsende verkürzt ( von 15 m auf 9 m ) wieder aufgesetzt. Im Jahre 1991 erhielt die Kirche ein neues Kirchen- und Turmdach mit Kreuz. Nach dem Beinaheeinsturz der Kirchendecke wurde nicht nur die Kirchendecke erneuert, sondern auch das Innere von Prof. Helmut Lutz in den Jahren nach 2002 völlig neu gestaltet.

Die Filialkirche Weißenkirchen hatte ihren eigenen Gottesacker um die Kirche herum, der am 13. Jänner 1820 mit kreisämtlicher Bewilligung aufgelassen wurde. Der neue Friedhof befindet sich seit damals am heutigen Platz etwas außerhalb. 1783 wurde die Pfarre Weißenkirchen selbständig und hatte folgende „eingepfarrte“ Ortschaften: Weißenkirchen, Unterkilling, Langmannersdorf, Perschling, Wieselbruck, Grunddorf und Haselbach. 1850 konstituierten sich diese Ortschaften zur Ortsgemeinde Weißenkirchen, nur Unterkilling schloss sich an die Gemeinde Kapelln an.